Pada awalnya, pulau Papua berada di dasar lautan Pasifik yang paling dalam. Kemudian dalam jutaan tahun, Papua melalui proses orogenesa dan tektonogenesa, sehingga terjadi pengangkatan, maka terbentuk pebatuan sedimen Australia bagian utara yang sering disebut dengan paparan Saul.

Adanya pergerakan tumbukan lempeng (convergent) antara lempeng Benua Australia (paparan Sahul) bagian utara dan lempeng Samudera Pasifik, sehingga terangkat lempeng bebatuan sedimen pantai Australia bagian utara, sehingga terbentuk jajaran pulau-pulau kecil di lautan bagian Utara Australia yang saat ini terbentuk "Pulau Papua".

Pertemuan secara tumbukan (convergent) pada kedua lempeng ini, sehingga terbentuk gugusan Pegunungan Tengah dan gugusan Pegunungan di wilayah Kepala Burung (Hamilton, 1979; Dow et al., 1988).

Bukti adanya jejak purbakala, melalui sebuah proses pengangkatan pulau Papua dari dasar lautan Pasifik, sehingga kini telah ditemukan berbagai kerang, air garam dan pasir laut di berbagai wilayah Pegunungan Tengah dan Pegunungan Kepala Burung.

Akibat pengangkatan ini, maka pulau Papua mulai terhubung dengan benua Australia, sehingga mulai terjadi migrasi hewan dan manusia dari daratan Australia ke wilayah Papua, sebelum terjadinya pencairan es di kutub akibat adanya pemanasan global.

Berdasarkan proses geologi tersebut, pernah dilakukan penelitian oleh beberapa ilmuan, yaitu ilmuan Geologi, Budaya dan Biologi, seperti Wallace, Weber dan Lydekker. Mereka berusaha menarik garis batas antara lempeng Sahul dan lempeng Sunda. Dalamnya, mereka identifikasi hewan, serta tumbuhan yang ada di kedua dangkalan tersebut.

Pada akhir penelitian, mereka menyimpulkan bahwa flora dan fauna, serta karakteristik manusia yang terdapat di kedua kawasan atau dangkalan tersebut memperoleh perbedaan yang cukup jauh, artinya; kemiripan hewan dan tumbuhan yanga ada di semua pulau yang terdapat pada dangkalan Sunda sama. Hal tersebut boleh dibenarkan, sebab secara teori sejarah tektonisme bahwa pulau-pulau yang melalui dangkalan Sunda, pada awalnya sedaratan dengan Benua Asia yang sering disebut dengan Indochina. Sedangkan, hewan, tumbuhan, serta karakteristik manusia yang terdapat di pulau-pulau yang berposisi dangkalan sahul hampir sama, dan hasil penelitian tersebut boleh dibenarkan. Sebab, pulau-pulau yang melalui dangkalan Sahul, secara sejarah tektoniknya berawal dari Benua Australia.

Dari ketiga ilmuan itu, hanya pendapat dari Ahli Geologi, Lydekker yang paling tepat membatasi perbatasan antara dangkalan Sunda dan Sahul, karena telah dibuktikan dengan kemiripan manusia, hewan, dan bebatuan yang ada di Papua mirip dengan Australia, sedangkan pulau lain di wilayah Indonesia sangat berbeda dengan Papua.

Pada zaman ini, secara geologi, pulau Papua tergolong masih muda, sehingga proses tektoniknya pun masih terjadi dan akan berlanjut. Buktinya, sedang muncul beberapa pulau-pulau di Teluk Cenderawasih dan muncul pulau-pulau kecil di Raja Ampat, sehingga orang di dunia tertarik dengan wisata keindahan bawah permukaan laut pada kedua kawasan tersebut.

http://forum.viva.co.id/indeks/threads/misteri-pulau-papua-yang-berusia-ratusan.juta-tahun.1856011/,